Thomas A. Anderson (Keanu Reeves) wiedzie podwójne życie. Zawodowo pracuje jako programista komputerowy w firmie MetaCortex, natomiast w życiu prywatnym jest hakerem komputerowym o pseudonimie „Neo”. Seria niewytłumaczalnych i zaskakujących zjawisk prowadzi go do kontaktu z grupą, na czele której stoi tajemniczy Morfeusz (Laurence Fishburne), uznawany przez władze za przestępcę i terrorystę. Wyjaśnia on Neo, czym jest Matrix, po czym oferuje pokazanie prawdziwego, niezakłamanego świata. Tam Neo na własne oczy przekonuje się, że żyje w postapokaliptycznym świecie. Ludzie wymyślili sztuczną inteligencję (SI), jednakże maszyny wyrwały się spod ich kontroli i zwróciły się przeciwko twórcom. Aby odciąć je od energii słonecznej, ludzie spowili niebo czarnym smogiem. Decyzja ta okazała się fatalna w skutkach – maszyny jako źródło energii wybrały ludzi, więżąc ich w programie zwanym Matriksem, symulującym świat z roku 1999. Istnieje jednak grupa ludzi niepodłączonych. Wśród nich jest między innymi załoga statku Nabuchodonozor, której kapitanem jest Morfeusz.

Morfeusz uwalnia Neo z Matriksa, wierząc, że jest on Wybrańcem, przepowiedzianym przez Wyrocznię wybawicielem i człowiekiem, który zakończy wojnę i przyniesie pokój. Sam Neo jest raczej sceptyczny wobec swoich umiejętności – pod okiem Morfeusza stopniowo uczy się jednak naginać i łamać reguły systemu komputerowego.

Dla maszyn ludzie wyzwoleni, nieprzynoszący energii, a jedynie uwalniający innych, są szkodnikami. Istnieje specjalna grupa programów, zwanych agentami. Na ich czele stoi agent Smith. Są oni strażnikami Matriksa, ścigają i zabijają osoby, których wirtualne ego wysyłane jest za pomocą pirackiego sygnału. Agenci odznaczają się nadnaturalną siłą i szybkością, są zdolni do unikania pocisków i przejmowania ciała dowolnego człowieka żyjącego w Matriksie. Są nieśmiertelni, lecz zasady ich bytu i zachowań zostały ograniczone regułami programu komputerowego. Wybraniec mógłby je jednak złamać i pokonać agentów.

Neo spotyka się z Wyrocznią, która wskazuje mu jego ścieżkę. Będzie on musiał podjąć decyzję – wybór pomiędzy zachowaniem swojego życia a uratowaniem Morfeusza. Wyrocznia sugeruje, że Neo wybrańcem nie jest, przynajmniej jeszcze nie. Wkrótce potem Cypher, jeden z członków załogi Nabuchodonozora, preferujący ignorancję zamiast prawdy, zdradza Morfeusza, którego pojmują agenci. Chcą wydobyć z niego kod dostępu do Syjonu – jedynego miasta ludzi, do którego maszyny nie mają dostępu. Neo dokonuje wyboru przepowiedzianego przez wyrocznię – wyrusza wraz z Trinity na ratunek Morfeuszowi. Udaje się go uwolnić i bezpiecznie doprowadzić do wyjścia z Matriksa. Na przeszkodzie po raz kolejny staje jednak agent Smith – po ucieczce Trinity przestrzeliwuje kabel, pozwalający na bezpieczne przejście do prawdziwego świata. Neo podejmuje walkę z agentem, który ginie w obecnym ciele pod kołami pociągu. Wkrótce pojawia się w nowym wcieleniu, zmuszając Neo do ucieczki.

W tym samym czasie w prawdziwym świecie maszyny przeprowadzają atak na statek Morfeusza. Nie może on odpalić ładunków niszczących układy elektroniczne w sytuacji, gdy Neo jest podłączony do Matriksa. Sytuację komplikuje fakt, że niedoszły Wybraniec zostaje postrzelony i zabity przez agenta. Trinity nie może pogodzić się ze śmiercią ukochanego – jej pocałunek w prawdziwym świecie przywraca go do życia w Matriksie. Zmartwychwstały Neo doznaje olśnienia, staje się wybrańcem. Zatrzymuje lecące w jego stronę kule, a następnie niszczy agenta Smitha. Po powrocie Neo do prawdziwego świata Morfeusz odpala ładunki elektromagnetyczne niszczące maszyny oraz elektroniczne układy Nabuchodonozora.

Wkrótce potem Neo powraca do Matriksa – grozi maszynom, że zrobi wszystko, by otworzyć ludziom oczy i wyzwolić spod panowania robotów.
Amen



Podwładny powinien przed obliczem przełożonego mieć wygląd lichy i durnowaty, tak by swoim pojmowaniem sprawy nie peszyć przełożonego.
Żałosny starcze, pieniaczu, pamiętaj że tacy jak ty żyją krócej